Toute fouille archéologique est soumise à autorisation de l'Etat (ministère chargé de la Culture).

Le dossier de demande d'autorisation doit être déposé auprès du service régional de l'archéologie territorialement compétent qui instruira le dossier avant de le soumettre à l'une des six commissions interrégionales ou au CNRA selon le cas.

En règle générale, toutes les autorisations d'opérations archéologiques concernant des sites du territoire métropolitain sont délivrées par le préfet de région après avis de la commission interrégionale chargée d'assurer localement le contrôle scientifique de la recherche archéologique.

Le ministre chargé de la Culture (sous-direction de l'archéologie) délivre les autorisations pour les sites archéologiques d'intérêt national dont il a dressé la liste, pour les sites des départements d'outre-mer et de la collectivité de Saint-Pierre-et-Miquelon ainsi que pour les opérations archéologiques préalables aux grands travaux d'infrastructure.

Le ministre délivre également les autorisations d'opérations portant sur des biens culturels maritimes situés dans le domaine public maritime ou dans la zone contigüe (entre 12 et 24 milles marins au-delà des lignes de base de la mer territoriale). Les dossiers de demande doivent alors être adressés au département des recherches archéologiques sous-marines (DRASSM).

Ces autorisations sont délivrées après avis du Conseil national de la recherche archéologique.

Les autorisations de fouille, qu'elles soient délivrées par le ministre ou par le préfet, fixent les prescriptions suivant lesquelles les recherches doivent être effectuées. En cas de non respect, le ministre ou le préfet pourra prononcer, par arrêté pris sur avis conforme du conseil national de la recherche archéologique ou de la commission interrégionale, le retrait de l'autorisation de fouiller précédemment accordée.

Le retrait de cette autorisation peut également intervenir en raison de l'importance des découvertes; dans ce cas l'administration poursuivra elle-même l'exécution des fouilles ou procédera à l'acquisition des terrains.